En contraposición se han detectado transmisión genética negativa en morfología en 57 ejemplares, machos y hembras hasta 2013 portadores de:

• Ectropion en grado I y II: 11 %
• Prognatismo: 2 %
• Mordida en pinza. 8 %
• Ausencia de algún premolar. 8 %
• Exceso de belfo. 2 %
• Ojos claros. 14 %
• Despigmentación en mucosas. 3 %
• Caras afiladas. 15 %
• Falta de fortaleza en cabeza y esqueleto. 15 %
• Displasia de cadera. 6 %
• Aplomos delanteros izquierdos. 6 %
• Codos despegados. 6 %
• Ligero ensillamiento. 10 %
• Corvejón de vaca. 10 %
• Carácter huidizo. 5 %

Todos los ejemplares portadores han sido retirados de la reproducción y se encuentran fuera del esquema de selección de la Asociación Española del Perro Perdiguero de Burgos.